К вечеру 6 октября 1916 года линкор «Императрица Мария» завершил экстренную подготовку к выходу в море: имея полный штат команды — 1200 человек, — принял топливо, пресную воду, боекомплект. К 24 часам, загруженный углем бункеров с плотно набитыми пороховыми погребами, корабль перешел на рейд Северной бухты близ Инкерманского выходного створа. Линкор был готов принять на борт адмирала Колчака с походным штабом и выйти в море.

7 октября в 6 часов 20 минут под первой башней в зарядном погребе, где находились около трех тысяч пудов пороха, произошло возгорание, ставшее причиной мощного взрыва. 260 моряков, спавших в кубриках и каютах носовой части корабля, погибли практически сразу. Тысяча человек вступила в борьбу за корабль. Командующий флотом прибыл катером на линкор, где возглавил операцию по спасению «Императрицы Марии».

За те минуты, что линкор, сотрясаемый еще несколькими взрывами, продержался на плаву, Колчак доказал, что адмиральские погоны с двумя орлами носил не зря. Опытнейший моряк, прошедший Балтику, Арктику, Порт-Артур, мгновенно оценил ситуацию. Он понял, что корабль не спасти, и направил все усилия на спасение людей. Во многом благодаря точным распоряжениям Александра Васильевича число погибших ограничилось теми моряками, которые погибли при взрыве (зафиксировано точно 260 человек).

До тех пор пока правый крен не стал закритическим и палуба не ушла из-под ног, с огнем и водой боролись матросы — кочегары, баталеры, машинисты и трюмные. Сняв галстуки и белые жилеты, не отставали от них офицеры.

Спустя 48 минут после первого взрыва корабль пошел ко дну, завалившись на правый борт.

После гибели корабля на флоте осознали, что спасением тысячи человек моряки во многом обязаны командующему. Авторитет Колчака многократно вырос и стал непререкаем.

Невзирая на то, что гибель «Императрицы Марии» на севастопольском рейде оставила тяжелый осадок не только на флоте, но и в высших эшелонах государственной власти, никто из морских командиров в Севастополе наказан не был. Для расследования причин катастрофы была создана специальная государственная комиссия. Был проведен поминутный анализ того, что происходило с линкором перед взрывом. Однако на главный вопрос — отчего возник пожар? — однозначного ответа дано не было. Мнения членов комиссии разделились. Позже адмирал Колчак заявил, что причиной трагедии было саморазложение, а затем возгорание некачественного пороха. Вопреки тому, что мощный линкор мешал как немцам, так и туркам, и постоянно находился под прицелом их агентуры, возможность диверсии Колчак категорически отрицал, ссылаясь на аналогичные случаи меньшего масштаба в Англии, Италии и Германии.

Генерал-майор, впоследствии академик Крылов видел причины трагедии в другом. В отдельных случаях люки в погреба прикрывались подручным материалом, в том числе деревянными крышками столов. Старший офицер (старший помощник командира) погибшего линкора капитан 2-го ранга Городысский показал на следствии, что защитные крышки с лючных горловин были сняты с его ведома по приказу старшего артиллерийского офицера лейтенанта князя Урусова, для «облегчения ручной подачи зарядов». Естественно, что опасность возгорания в погребах возросла многократно. По Севастополю ходили слухи, опровергаемые контрразведкой и штабом флота, что на корабль под видом рабочих-путиловцев, занятых профилактическим обслуживанием орудийных стволов, проникла немецкая агентура…

В 1939 году Г. Есютин и П. Юферс выпустили в свет брошюру «Гибель „Марии“». В послевоенное время появились повесть А. Рыбакова «Кортик» и роман Сергеева-Ценского «Утренний взрыв», в которых авторы пытались воссоздать события на корабле «Императрица Мария». Но это был во многом художественный вымысел писателей. В 1934 году в сборнике «ЭПРОН» академик Крылов опубликовал очерк «Гибель линейного корабля „Императрица Мария“», где привел выводы следственной комиссии, сопоставив их с показаниями командира корабля, офицеров и нижних чинов.

«7 октября, — писал Крылов, — приблизительно через четверть часа после утренней побудки, нижние чины, находившиеся поблизости от первой носовой башни, услышали особое шипение и заметили вырывавшийся из люков и вентиляторов около башни дым, а местами и пламя.

Одни из них побежали докладывать вахтенному начальнику о начавшемся под башней пожаре, другие по распоряжению фельдфебеля раскатали пожарные шланги и, открыв пожарные краны, стали лить воду в подбашенное отделение».

Далее ученый приводит хронику событий: в 6 часов 20 минут произошел взрыв чрезвычайной силы. Им были смещены с места носовая башня и боевая рубка, вскрыта верхняя палуба от форштевня до второй башни. В течение получаса последовало еще 25 взрывов различной силы. В 7 часов 05 минут с правого борта прогремел последний мощный взрыв. Корабль стал крениться и через несколько минут, перевернувшись вверх килем, затонул в севастопольской Северной бухте. Погибли 216 человек, 232 получили ранения и ожоги…

Много лет спустя в своих воспоминаниях действительный член Русского морского собрания, Русского военно-морского союза В.В. Успенский напишет:

«О гибели корабля 6 октября 1916 года было написано много статей в газетах и книгах. Эти статьи чаще всего носили самый фантастический характер, были неполными, иногда тенденциозными, похожими на отражение в кривом зеркале и умалчивающими не совсем благоприятные факты.

В настоящих воспоминаниях, не для печати написанных, я не стану говорить об агонии корабля, длившейся 54 минуты. Ограничусь лишь сообщением об одном практически неизвестном факте, свидетелем которого мне выпала судьба стать.

Прежде чем писать о нем, хочу дать некоторые необходимые сведения, на мой взгляд, служащие как бы предисловием к дальнейшему изложению.

Линейный корабль «Императрица Мария» проектировался и закладывался до Первой мировой войны. Многочисленные электромоторы для него были заказаны на германских заводах. Начавшаяся война создала тяжелые условия для достройки корабля. Нужно было где-то доставать эти моторы. К сожалению, те, что нашли, были значительно больше по размерам и пришлось выкраивать необходимую площадь за счет жилых помещений. Команде негде было жить, и, вопреки всем уставам, прислуга 12-дюймовых орудий жила в самих башнях. Боевой запас всех орудий башни состоял из 300 фугасных и бронебойных снарядов и 600 полузарядов бездымного пороха. Каждый полузаряд весил 4 пуда <…> Полузаряд заключался в железный оцинкованный и гофрированный пенал длиной около метра и диаметром приблизительно 35 сантиметров. Пенал герметически закрывается крышкой с помощью специального рычага. Всего в подбашенном помещении хранилось 2400 пудов пороха. Наши пороха отличались исключительной стойкостью, и о каком-либо самовозгорании не могло быть и речи. Совершенно необоснованно предположение о нагревании пороха от паровых трубопроводов, как и о возможном электрозамыкании. Коммуникации проходили снаружи и не представляли ни малейшей опасности.

Известно, что линкор вступил в строй с недоделками. Поэтому до самой его гибели на борту находились портовые и заводские рабочие. За их работой следил прикомандированный к офицерскому составу корабля инженер-поручик С. Шапошников, с которым у меня были приятельские отношения. Он прибыл на линкор еще в Николаеве, быстро изучил его и знал «Императрицу Марию», как говорится, от киля до клотика. Шапошников рассказывал мне о многочисленных отступлениях от проекта и всяческих технических затруднениях, связанных с войной. <…>

6 октября 1916 года с 4 ч утра я был вахтенным начальником линкора, стоявшего на бочке Севастопольского рейда. В 6 ч объявили побудку команды. Вахтенный офицер мичман Шулейко успел обойти все кубрики и приблизительно в 6 ч 20 мин доложил мне, стоявшему около кормовой трубы, что одевание команды и вязка ею коек проходят нормально. В этот момент ко мне подбежал один из комендоров 1-й башни и крикнул: «В первой башне пожар!» Я помчался к кормовой рубке, чтобы включить колокола громкого боя. Но через какие-то 2—3 секунды волной взрыва меня подняло в воздух. К счастью, я упал на сложенный чехол от катера и это смягчило удар. Мичман Шулейко, стоявший ближе к борту, был выброшен в море. Поднявшись на ноги, я увидел, что вместо носовых боевой рубки, мачты и трубы стоял столб черного дыма, поднимавшийся к небу. Вся палуба была покрыта медленно горящими пластинами пороха. Вскоре стали взрываться патроны 130-миллиметровой артиллерии в погребах по соседству с 1-й башней. Минут через 20 заметил, как от нас спешно стали отбуксировать линкор «Императрица Екатерина II», стоявший от нас на расстоянии 400 м. Опасались, видимо, что от нашего взрыва сдетонируют и их снаряды. А ведь рядом находилась Сухарная Балка, где хранился весь боевой запас флота и крепости! Было сознание обреченности. Однако произошло какое-то чудо: после почти часового пожара наши снаряды не взорвались, хотя и находились среди огня…