Данные о ЦЛ-27 должна была передать на подводные лодки С-117, после чего занять позицию недалеко от Холмска и контролировать все выходящие из порта суда.
На береговом КП бригады в командование учениями тем временем вступил командир бригады капитан 1-го ранга В.М. Прокофьев. На аэродромах разогревали моторы самолеты 8-го разведывательного авиационного полка Тихоокеанского флота. Они должны были помочь С-117 обнаружить условного противника.
В 18 часов 50 минут 14 декабря на КП бригады приняли радиограмму с подводной лодки. Командир С-117 докладывал, что вышел из строя правый дизель и лодка продолжает движение в назначенный район под вторым.
В 20 часов 25 минут оперативный дежурный штаба флота сообщил на корабли и суда об обнаружении в районе Холмска плавающей якорной мины. Дрейфующую мину заметили с берегового поста наблюдения.
В 20 часов 30 минут командующему флотом доложили об обнаружении плавающей мины и о местонахождении кораблей 90-й бригады в море. О том, что 90-й бригадой подводных лодок получены телеграммы от ПЛ С-117, в штаб флота доложено не было.
В 21 час 55 минут начальник оперативного управления штаба флота принял решение: в связи с невозможностью выхода кораблей из Корсакова и Советской Гавани из-за опасной ледовой обстановки для поиска плавающей мины в районе Холмска с рассветом 15 декабря использовать ЦЛ-27, находящийся в этом районе.
В 0 часов 25 минут 15 декабря оперативный дежурный передал на корабли и суда уточненные координаты мины.
В 1 час 06 минут от командира С-117 было получено подтверждение на переданную радиограмму.
В 3 часа 15 минут командир «сто семнадцатой» доложил в штаб бригады о введении в строй правого дизеля и продолжении выполнения задачи.
Согласно плану учений, корабль-цель должен был покинуть Холмск около 17 часов. Именно в это время на КП бригады и ждали донесения капитана 2-го ранга Красникова об обнаружении выходящего корабля. Но донесения не последовало. С-117 молчала. Особого беспокойства на КП, впрочем, это сначала не вызвало. Ведь возможно, что лодка просто не заметила выходящий корабль, или что-то случилось с аппаратурой связи, или оборвало антенну. К тому же штаб бригады был полностью поглощен учениями.
В 19 часов комбриг капитан 1-го ранга Прокофьев запросил С-117, требуя усилить бдительность, а также сообщить свои координаты. Подводная лодка по-прежнему не отвечала. Тогда-то у командования бригады и возникла тревога.
Наступило 16 декабря. В течение всей ночи штаб бригады неоднократно продолжал вызывать С-117. Но эфир молчал.
В 19 часов 16 декабря подводной лодке С-117 передали очередное приказание включить ходовые огни и немедленно возвращаться на базу. На радиограмму не ответили.
В 0 часов 30 минут 17 декабря Командующий флотом вице-адмирал Холостяков дал указание командиру 90-й бригады прекратить учения. ЦЛ-27 приказали следовать в район Холмска на поиск ПЛ С-117
В 4 часа 00 минут 17 декабря поступил приказ начать поиски.
В 7 часов 17 декабря по приказанию начальника штаба флота для передачи телеграмм на С-117 десять раз запускался мощный передатчик. Однако подводная лодка молчала по-прежнему.
Как же осуществлялся поиск пропавшей подводной лодки? Первая партия тральщиков ТЩ-524, ТЩ-588, вышедших из Советской Гавани 19 декабря к Холмску, начала обследование металлическими и придонными тралами района, где 15 декабря ЦЛ-27 наблюдал силуэт подводной лодки.
Осмотр западного побережья острова Сахалин от Холмска на Север до Томари и на юг осуществляли армейские части и пограничники. Кроме этого, поиск осуществляли до 20 декабря эсминец «Верткий», спасатель «Золотой», подводные лодки С-119 и С-120.
21 декабря к ним присоединились три тральщика 29-й дивизии ОВР, два тральщика 113-й бригады ОВР. К 22 декабря в район Холмска прибыл спасатель «Тетюхе», а 23 декабря — еще два тральщика 6-го ВМФ.
С воздуха поиск С-117 вели два самолета, один из Советской Гавани, один из Корсакова. Указания по поиску были даны и местным рыбакам.
Учитывая возможность случайного тарана С-117 каким-либо судном гражданского министерства, 18 декабря были даны указания командиру Южно-Сахалинской военно-морской базы, а 19 декабря была передана просьба командованию 5-го ВМФ осмотреть все суда, прибывавшие в порты из района Холмска и находившиеся в районе Холмска 14—17 декабря.
С 19 декабря все суда, прибывавшие из района Холмска в Корсаков, Владивосток и Находку, тщательно осматривались водолазами, команды опрашивались, результаты осмотров и опросов сообщались в штаб 7-го ВМФ.
В течение 19—24 декабря пограничниками было осмотрено все западное побережье острова Сахалина от мыса Крильон до мыса Яблочный, а солдатами Дальневосточного округа — от мыса Кузнецова до города Чехова. Никаких предметов с ПЛ С-117 не обнаружено.
Из воспоминаний капитана 1-го ранга в отставке А.В. Тисленкова:
«Когда все случилось, вспомнили, что и командир лодки Красников и командир бригады Прокофьев не хотели, чтобы С-117 участвовала в учениях. Они просили для нее оргпериод, чтобы восстановить боеготовность, чтобы люди немного переключились с ремонтных дел на боевую учебу. Но начальник штаба флота контр-адмирал Радионов и слушать их не захотел. То, что С-117 пошла в море, вина только его. Однако ни в какие материалы расследований это не попало, ведь Радионов отдавал приказания устно…
Все мы были потрясены известием о трагедии со «сто семнадцатой». В том, что с лодкой случилась именно трагедия, сомнений ни у кого не было. И в это время начальник политотдела капитан 1-го ранга Бабушкин ни с того ни с сего заявил во всеуслышание, что, по его мнению, наша лодка ушла в Америку, что весь экипаж С-117 оказался негодяями и изменниками. Почему он так сделал, я не понимаю. Может, хотел подстраховаться на всякий случай? Боялся возможных обвинений в свой адрес в потере бдительности? Но ведь всему же есть предел? Когда он обозвал экипаж «сто семнадцатой» изменниками, жены офицеров с нее чуть было Бабушкина не убили. Да и все мы были очень возмущены его непорядочностью».
Тем временем в Москву военно-морским министром Н.Г. Кузнецовым были вызваны для разбирательства по обстоятельствам гибели С-117 командующий 7-м флотом вице-адмирал Холостяков, командир 90-й бригады капитан 1-го ранга Прокофьев, начальник управления кадров флота капитан 1-го ранга Дьячков и начальник управления разведки флота капитан 1-го ранга Мельников. Председателем комиссии по расследованию дела «Щуки» был назначен адмирал Андреев, который немедленно вылетел на Дальний Восток из Москвы…
А через несколько дней Сталину был представлен документ следующего содержания:
«Товарищу Сталину И.В. Докладываем об обстоятельствах гибели подводной лодки С-117 Седьмого военно-морского флота. В период 14—16 декабря 1952 г. 90-я бригада подводных лодок, базирующаяся на Советскую Гавань, проводила тактическое задание по атаке группой подводных лодок во взаимодействии с разведывательной авиацией условно изображаемого конвоя.
Учение проводилось в районе Татарского пролива к югу от Советской Гавани. Руководил учением командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга Прокофьев. План учения был рассмотрен и утвержден Командующим флотом т. Холостяковым…
Подводная лодка С-117 вышла из Советской Гавани в 11 часов 35 минут 14 декабря по местному времени с расчетом быть на позиции в районе Холмска к 8 часам 15 декабря.
Вопреки установленному в Военно-Морских силах порядку донесения кораблями при нахождении в море своего места не реже двух раз в сутки руководителем учения капитаном 1-го ранга Прокофьевым, с одобрения командующего флотом вице-адмирала Холостякова Г.Н. и начальника штаба флота контр-адмирала Радионова А.И., было запрещено подводным лодкам доносить о своих местах как при переходе на позицию, так и в ходе учения. Командармам подводных лодок было дано указание доносить только об обнаружении и об атаке конвоя.
В результате этого руководитель учения и штаб флота не могли знать точного места подводных лодок при их переходе, а также не знали времени занятия подводными лодками своих позиций.