Подводная лодка С-117 также не доносила о своем месте при переходе из Советской Гавани в район порта Холмск.
Командир подводной лодки С-117 сделал два донесения в адрес командира бригады лодок: первое донесение в 18 часов 10 минут 14 декабря о поломке и выходе из строя правого дизеля и второе донесение в 3 часа 15 минут 15 декабря о том, что дизель введен в строй. При этом в обоих донесениях о месте подводной лодки указано не было.
Подводная лодка С-117 должна была донести об обнаружении корабля цели ЦЛ-27, который в 15 часов 15 декабря вышел из порта Холмска, но этого и других каких-либо донесений от подводной лодки не поступило.
Это обстоятельство позволяет считать, что подводная лодка С-117 погибла в период от 3 часов 15 минут до 15 часов 15 декабря, при этом наиболее вероятное время гибели подводной лодки между 3 часами 15 минутами и 8 часами 15 декабря, когда лодка при подходе к району разведки в темное время суток должна была погрузиться, с тем чтобы с рассветом быть в подводном положении.
В 3 часа 15 минут 15 декабря подводная лодка С-117 находилась, как указано на прилагаемой схеме, в 43 милях на северо-запад от Холмска с глубинами моря в этом районе до 1000 метров. К 8 часам лодка должна была войти в район своей позиции, нарезанной в виде прямоугольника со сторонами 19 и 16 миль с центром почти на параллели Холмска, в 10 милях от него.
В этом районе подводная лодка должна была находиться до обнаружения цели ЦЛ-27. Глубина моря в районе от 100 до 500 метров и в узкой полосе прибрежной части меньше 100 метров.
Этот район был тщательно осмотрен, при этом на поверхности не было обнаружено ни сигнальных буев, выпущенных подводной лодкой, которые могли оказаться на поверхности моря при глубинах до 100 метров, ни других предметов, принадлежащих подводной лодке С-117. Сигналов о бедствии подводная лодка не имела. Это дает основание полагать, что подводная лодка погибла на больших глубинах.
Ввиду того, что достоверных данных о причинах гибели подводной лодки нет, об обстоятельствах гибели подводной лодки можно только предполагать.
Учитывая все ранее имевшие место случаи гибели подводных лодок, наиболее вероятно, что гибель подводной лодки С-117 могла произойти при следующих обстоятельствах: неправильное управление подводной лодкой при погружении и при маневрировании под водой; неисправность материальной части лодки; столкновение с надводным кораблем.
Вместе с этим был тщательно изучен личный состав подводной лодки С-117 и рассмотрены возможности преднамеренного ухода подводной лодки в Японию или насильственного увода ее американцами. Личный состав имел высокое политико-моральное состояние и являлся политически надежным, поэтому уход лодки в Японию не считаем вероятным. Сопоставляя все данные разведки о действиях американцев в Японском море за последнее время и учитывая решимость личного состава, считаем увод подводной лодки американцами невозможным.
Каковы же возможные причины трагедии?
Подводная лодка С-117 до учения находилась два месяца в ремонте во Владивостоке и возвратилась в Советскую Гавань 7 декабря, то есть за 7 дней до начала учения.
Командование бригады и штаб флота не проверили уровень боевой подготовки лодки с выходом в море, а, основываясь на старой оценке подготовленности подводной лодки С-117, допустили участие ее в учении, чего без проверки делать не следовало.
Свои действия командование флотом и командир бригады подводных лодок объясняли тем, что подводная лодка С-117 имела наибольшее, чем другие средние лодки, количество ходовых суток (более 70), успешно совершила перед учением трехсуточный переход из Владивостока в Советскую Гавань и в течение года выполнила до 200 погружений.
Учитывая двухмесячное пребывание подводной лодки в ремонте и замену за это время некоторой части личного состава, не исключено, что подводная лодка погибла от неправильного маневрирования над водой.
Техническое состояние подводной лодки было удовлетворительное, так как лодка в течение 1946—1950 гг. прошла капитальный ремонт и в 1952 году текущий ремонт с докованием.
Однако после нахождения лодки в ремонте материальную часть следовало тщательно проверить с выходом в море и посредством погружения. Учитывая это, гибель подводной лодки по причине неисправности материальной части также является вероятной.
Подрыв подводной лодки на плавающей мине, как одно из вероятных обстоятельств гибели лодки, рассматривался в связи с тем, что 14 декабря в районе позиции подводной лодки в районе Холмска рыбаками была обнаружена плавающая мина. При тщательном рассмотрении возможности подрыва подводной лодки установлено, что подрыв исключен, так как береговыми постами наблюдения и кораблем-целью, стоявшими на внешнем рейде, всплеск и звук от подрыва мины не наблюдался, предметов, принадлежавших подводной лодке, которые обязательно должны всплыть при подрыве лодки на мине, обнаружено не было. Сама мина также не была обнаружена; очевидно, за мину был принят плавающий предмет.
С целью определения возможности столкновения подводной лодки с надводными кораблями были проверены четыре транспорта, которые во время учения проходили в районе его проведения. Но и эта версия не нашла подтверждения.
На подводной лодке С-117 погибли 52 человека личного состава, в том числе 12 офицеров. Поиск подводной лодки продолжается».
Перед отъездом в Москву Прокофьев сказал жене: «Как все выяснится, я позвоню. Если скажу, что все хорошо, значит, не посадили». В Москве Холостякова, Радионова и Прокофьева заслушивало все руководство страны. Не было только Сталина. Руководил заслушиванием Маленков. Рядом с ним молча сидел и Берия. Однако, к облегчению моряков, спустя каких-то полчаса после начала слушаний он был вызван по какому-то неотложному делу Сталиным и уже больше на заседание не вернулся. Слушание длилось почти восемь часов. Прокофьеву запомнилась деталь: Маленков был небрит и выглядел чрезвычайно усталым. Больше всех, как бывает в таких случаях, обвиняли самого младшего, то есть комбрига. Обвинения в его адрес сводились к тому, что Прокофьев не обучил как следует командира С-117 и сам не пошел в море именно на этой подводной лодке. Вскоре после возвращения из Москвы капитана 1-го ранга В.М. Прокофьева свалил инфаркт.
Затем был приказ военно-морского министра и закрытое постановление Совета Министров СССР по факту гибели подводной лодки. Ветераны рассказывают, что здесь Николаю Герасимовичу Кузнецову пришлось нелегко. Ведь по всем существовавшим тогда законам экипаж ненайденной подводной лодки надлежало считать не погибшим, а пропавшим без вести со всеми вытекающими отсюда последствиями. Прежде всего это касалось пенсий семьям членов экипажа. Ведь погибшим пенсии полагались, а пропавшим — нет. Однако справедливость все же восторжествовала, и пенсии были начислены, наряду с достаточно крупными единовременными пособиями.
Надо отдать должное советскому правительству: к людям отнеслись со всем возможным вниманием. По указанию предсовмина Маленкова семьям погибших офицеров были выделены квартиры в европейской части страны. Города вдовы выбирали по своему усмотрению. Некоторые пункты пенсионного расчета и сегодня звучат необычно: «…сестре матроса Королева В.С. — Королевой Валентине Степановне выделить пенсию в размере 300 рублей в месяц до окончания ею высшего образования».
Был и приказ о наказании виновных в гибели подводной лодки. Командующему Седьмым Военно-Морским флотом вице-адмиралу Холостякову Г.Н. объявили выговор. Командир 90-й бригады подводных лодок капитан 1-го ранга Прокофьев В.М. и начальник политотдела 90-й бригады подводных лодок капитан 2-го ранга Никулин А.Н. были сняты с занимаемых должностей и назначены с понижением.
А поиски исчезнувшей «Щуки» продолжались еще целый год. И тогда в ноябре 1953 года Н.Г. Кузнецов, ставший к тому времени адмиралом флота, но превратившийся в результате реорганизации ВМФ из военно-морского министра в главнокомандующего ВМФ, подписал донесение министру обороны СССР М.А. Булганину: